Elikagaien Industria eta Merkatuen Zuzendaritza Nagusiak ondoko funtzioak betetzen ditu Ingurumen, Landa eta Itsas Ministerioaren eskumenen barruan:
Sailak nekazaritzako elikagaien merkaturatzeari eta kontsumoari dagokienez dituen eskumenak garatzea, genetikoki aldatutako organismoena barne, baita produkzio eta eraldaketa lehiakor eta iraunkorrei dagokienez ere, eta elikadura arloari dagokion plangintza garatzea.
Sailak elikagaien kalitatea kontrolatzeari dagokionez dituen eskumenak garatzea, autonomia-erkidegoekin eta elikagaien kontrolean diharduten gainerako unitate eta sailekin koordinatuta.
Nekazaritza- eta elikagai-industrien antolaketa eta sustapenerako jarraibideak finkatzea, ekonomi jardueraren planifikazio orokorraren eremuan, eta nekazaritzako elikagaien enpresetan berrikuntza teknologikoaren garapena, ezagutza eta sarbidea zabaltzea eta sustatzea.
Eskaintza eta eskaeraren osagaiak elikakatearen fase desberdinetan aztertzea, sektore desberdinetarako, eta merkaturatzearen eta banaketaren jarduera ildoak proposatzea eta garatzea.
Nekazaritzako elikagaien arloan sektore-egiturako eta kontratu harremanetako politikarako jarraibideak garatzea eta elikakateko osagai desberdinen arteko elkarrizketa erraztea, merkatuetako gardentasuna hobetzen duten jardueren bidez.
Elikagaien kalitatearen politikarako jarraibideak finkatzea, jatorrizko izendapen babestuei, adierazgarri geografiko babestuei, bermatutako espezizalitate tradizionalei eta produkzio ekologikoari dagozkien estatu-eskumenak garatuz.
Elikagaiak sustatzeko jarduerak proposatzea eta garatzea.
Nekazaritzako elikagaiak aztertzeko orduan autonomia-erkidegoekin elkarlanean aritzea eta, hala behar bada, analisi arbitralak egitea.
Laborategiak eta Zuzendaritza Nagusiari atxikitako edo bere menpeko zentroak planifikatzea, koordinatzea eta zuzentzea.
Espainiak aurreko eskumenei dagokienez Europako Batasunean eta nazioarteko beste erakunde edo foro batzuetan duen posizioa finkatzeko proposamenak egitea.
Nekazaritza elkarteen sustapenean eta nekazaritzako elikagaien sektorean integratzeko gizarte ekonomian sailak dituen eskumenak gauzatzea.
Elikagaien Prezioen Behatokiari dagokionez sailak dituen eskumenak gauzatzea.